Den grundlæggende betjeningsprocedure for en CNC-fræser omfatter typisk tænding, tilbagevenden til referencepunktet, programinput, fastspænding af emnet, værktøjsindstilling, bearbejdning og slukning. Sikkerhedsprocedurer skal følges under drift, såsom at bære passende beskyttelsesudstyr og korrekt brug af nødstopknappen. CNC-systemets kontrolpanel består normalt af en CRT-skærm, et MDI-panel og et værktøjsmaskinekontrolpanel. Programmering er en væsentlig færdighed for at betjene en CNC-fræser, der involverer både manuel og automatisk programmering.
Valget af skæreparametre skal følge visse principper: skrubning sigter mod høje metalfjernelseshastigheder, mens efterbehandling tilstræber høj overfladekvalitet. Nøgleparametre såsom skærehastighed Vc og tabeltilspænding F kan beregnes ved hjælp af formler.
